組織研磨機對土壤微生物基因組DNA的抽提

組織研磨機對土壤微生物基因組DNA的抽提

 
（還可以提取如沉積物，排泄物，廢水，雪水等樣品的DNA）土壤微生物基因組DNA抽提試劑盒/提取試劑盒
（利用硅吸附DNA原理）
一，說明
本試劑盒可以在30分鐘內快速有效的直接從土壤分離微生物基因組DNA。用上海凈信科技（全自動樣品快速勻漿機）FSTPRP儀器（將樣品與緩沖液加入帶有特殊小珠的樣品管/離心管）在40秒內可以裂解土壤中的植物、動物組織、細菌、藻類、真菌孢子、酵母、線蟲。經過本試劑盒的分離純化，所得的DNA可以用于PCR、限制性酶切、電泳和其他使用。
濃縮SEWS-M使用前加入25ML無水乙醇，并在瓶子上做好標記，蓋好瓶蓋
WASH D使用前加入56ML無水乙醇，并在瓶子上做好標記，蓋好瓶蓋
用1ML  ddH20（滅菌）*溶解RNA酶，將RNA酶放入水中煮，水沸后再煮沸20分種，并掉炎，緩慢冷至室溫后，將RNA酶取出，全部加入 sodium phosphate buffer中，充分混勻后，將sodium phosphate buffer buffer 放入4度保存。
試劑盒組成
 
 
三，步驟
加入500MG 土壤樣品到一個樣品管中，管中應管有0.05-0.1ml  空間。
（注意一，為使樣品盡可能遙多均勻，一個樣品一般取四個管，兩管并一管，得到兩管的DNA，注意二，在試驗中，可用普通離心管+氧化鋯珠（0.8g）,注意三，應將放在-20度的樣品上一天取出化凍）
 
加入0.1956ml  sodium phosphate buffer 到樣品中
加入0.0244ml MT buffer 到樣品中
用上海凈信科技（全自動樣品快速研磨機機）儀器以速度14單位頻振60S 反復三次（確保*可以粉碎）
13000rmp  離心5-10min ，沉淀碎片    （注意一，加一步去除腐酸的步驟：取上清到10研磨單位離心管，加入。。。。。。。。。。。。。顛倒混勻，2MIN   12005MIN看不清）
將上清（約0.12ml）轉移到一個干凈的2研磨單位離心管中，加入0.05ml  PPS到管中，用手顛倒混勻10次。
13000RPM 離心5MIN 以沉淀蛋白質，轉移上清到一個干凈的2研磨單位離心管中（約0.14ml）
加入1ML Binding solution b（5倍體積）到2研磨單位離心管中，用手顛倒混勻2MIN (提前水加熱，促進DNA與硅膠給合)
將結全柱放入2ML收集管中，凈混合液加入結合柱中，室溫放置2 min.(分三次加，每次加0.12-0.14ml兩管并一管)
13000RPM離心1MIN，倒掉收集管中的廢液，將結合柱重新放入2研磨單位離心管中。
加入0.1ml SEWS-M（Spin-buffer）到結合柱中，13000RPM離心1MIN，倒掉收集管中的廢液。
 
注去注腐殖酸
在1.5研磨單位離心管中制備腐殖酸洗滌溶液：
Sodium phosphate buffer  978UL
MT  buffer            0.0244ml
Pps:                  250ul
混勻，13000RPM離心1分種轉移上清液于一個干凈的2研磨單位離心管中。
加入等體積的5M Guanidine Thiocyanate sojution 混勻。
加入0.1ml 腐殖酸洗滌液到步聚11中的結合術中，13000RPM離心1分種，倒掉收集管中廢液。
重復上述步驟三次
接步驟十二
加入0.13mlwashD  于結合柱中，13000RPM離心1MIN，倒掉收集管中的廢液。
將結合柱裝入離心管中，130000RMP離心2MIN
將結合柱裝入1.5研磨單位離心管中。室溫放置五分種，以便乙醇揮發干凈，在膜中央小心加入，0.015ml DES  。不要戳破膜，室溫放置2MIN。（37度  30MIN）
13000RPM離心1MIN 離心管中即為分離的DNA，貯存于-20度或進入下一步室實驗。（應將2管DNA混于一管，混勻，再分成兩管，這樣即能得到4管一管的目的。目的是盡量消除樣品內部差異）
 
 
本實驗不用去除腐殖酸這一步，但有文獻指出，在-20度時，腐殖酸仍會降解DNA，